林家的始祖为林利玄，即鹿盐利玄，是唯一能与一世本因坊算砂抗争的一流棋士。利贤又作利玄，在敕封棋家时排名第二，享50石奉禄，5人侍奉。
林家始自林利玄的弟子林门入斋，但林门入斋敕封棋家时不在其中。林家的迹目曾经几次是由本因坊家过继过来的，象林元美和林秀荣。林家相传至十三世林秀荣时，秀荣本来是十四世本因坊秀和的次子，1862年过继到林家，后于1884年回归本因坊门，林家也就此断绝。
林家初代掌门人为门入斋，从二世以后每代掌门人名字后面都加上"门入"的称呼（例外的情况是九世门悦、从本因坊家过继过来的十一世元美和十三世秀荣）。