传统上,有鳞目分为三个亚目:
蜥蜴亚目Lacertilia
鬣蜥下目 Iguania
壁虎下目 Gekkota
石龙子下目 Scincomorpha
复舌下目 Diploglossa(又译蛇蜥下目)
厚背下目 Platynota(又译巨蜥下目)
蛇亚目 Serpentes
真蛇下目 Alethinophidia
盲蛇下目 Scolecophidia
蚓蜥亚目 Amphisbaenia
由于蛇与蚓蜥是从蜥蜴演化而来,蜥蜴被视为是并系群。在较新的分类法中,有鳞目被分为以下亚目,但彼此的演化关系尚未定论:
鬣蜥亚目
Iguania(鬣蜥、变色龙、飞蜥)
硬舌亚目 Scleroglossa
壁虎下目 Gekkota
蛇蜥下目 Anguimorpha(巨蜥、希拉毒蜥、蛇蜥)
石龙子下目 Scincomorpha(石龙子、鞭尾蜥、以及欧洲常见的蜥蜴)
蛇亚目 Serpentes
真蛇下目 Alethinophidia(蝰蛇、蚺、眼镜蛇)
盲蛇下目 Scolecophidia
蚓蜥亚目 Amphisbaenia
近年有科学家提出另一个名为Toxicofera的演化支。这个理论上的演化支多由有毒物种构成,包含有鳞目的接近60%物种,包含:
蛇亚目 Serpentes
鬣蜥亚目 Iguania
蛇蜥下目 Anguimorpha
毒蜥科 Helodermatidae(希拉毒蜥、墨西哥毒蜥)
婆罗蜥科 Lanthanotidae(鳄蜥、蛇蜥)
巨蜥科 Varanidae(科莫多龙)