晓组织最初由自来也的弟子——雨忍者村孤儿弥彦、漩涡长门、小南创建，弥彦是首领。当时的晓组织只是一个雇佣军组织，初衷是实现忍界和平。长门身上拥有宇智波斑移植的轮回眼，斑为了实行月之眼计划，期望日后长门能用外道·轮回天生复活自己。斑死后宇智波带土以宇智波斑的身份现身，试图劝服并拉拢长门，但被弥彦阻止。
后来弥彦死于山椒鱼半藏与志村团藏的阴谋，长门成为了组织的首领，并且使用轮回眼制出了尸体傀儡“佩恩六道”，其中天道由弥彦的尸体制作，用来统率晓组织。在仇恨的驱使下，长门认同了带土的思想，与其合作，从此晓组织蜕变为一个由各国S级叛忍组成的邪恶组织。
后来佩恩六道杀死了山椒鱼半藏，长门成为了雨忍村的统治者。
组织开发了专门封印尾兽的幻龙九封尽术后，先后派出成员抓捕尾兽。一尾至七尾相继被捕获并封印。
组织成员蝎、飞段、角都、迪达拉、宇智波鼬、长门、干柿鬼鲛、小南在与各国忍者的战斗中相继死亡（飞段失去行动能力），大蛇丸被宇智波佐助吞噬后又被鼬封印。
在蝎死后，带土化名“阿飞”，以新人身份加入晓，继承了蝎的位置，成为迪达拉的队友，第一次出现在外界的视线里。迪达拉死后，带土再次以宇智波斑的身份成为幕后操纵者。长门死后，带土直接领导晓组织。
宇智波佐助的鹰小队曾与晓组织合作，为组织抓捕八尾，但未成功。
带土和药师兜在相互利用的条件下达成合作，发动了第四次忍界大战。
第四次忍界大战时期，白绝本体被佐助杀死。后来带土和被药师兜用秽土转生之术召唤出来的宇智波斑联合操纵十尾与忍军战斗。兜被佐助和被秽土转生的鼬联手打败。大蛇丸被佐助复活。
后来带土成为了十尾人柱力，但被忍军打败，在黑绝附身下被迫使用外道·轮回天生术复活了斑。在与黑绝的意识斗争取得胜利后，带土将另一半九尾和从斑体内夺取来的一尾和八尾的部分查克拉输进了鸣人体内。宇智波斑夺取了带土的轮回眼，现带土被鸣人用六道之力暂时救回，与忍界共同对抗黑绝秉承的意志——辉夜。
