陵墓每年大祭三次(清明、中元、冬至)，小祭四次(正旦、孟冬、生辰、逝日)。每次谒陵耗费巨大。十三陵地面上建筑曾几度遭到破坏，最严重的一次是清兵入关。明末清太祖崛起于东北，威胁明朝安全。有人说清兵之所以强盛与他的祖坟风水有关。他们(金人)的祖坟在房山，如捣毁，清兵即灭。天启皇帝于天启二年(1622)派人毁房山金陵，并建关帝庙镇之。清兵入关后，采取同样的取复手段，破坏了明陵。清乾隆五十年，为了拢络汉人，曾下令修缮明陵。民国时期，1914年左右，当地豪绅争夺产权，明陵又遭破坏。

墓区原有一道40公里长的围墙。红色围墙自南边的大宫门起，依山而筑，设有中山口、东山口、老君堂口、贤庄口、灰岭口、锥子口、雁子口、德胜口、西山口、榨子口等十个关口，各口兵把守。现在红墙已无，但从地名上看还能了解到当年的墓区范围。