元延祐七年（1320年），高僧玄峰在此结茅庵修行。至治三年（1323年）募化修建大光明殿，供毗庐遮那佛及十二圆觉菩萨，其后几年间，玄峰苦心经营，又募建大山门及两廊两庑，规模逐渐增大，《启建华亭山大圆觉禅寺碑》说：到1334年，“其方丈、浴塘、香疱、座癝、圆匦、磬函，靡不完奋，彩饰丹垩，栏循台榭，菀辟垣墉，悉皆缜密”。此时称圆通寺。元至元五年（1339年）。玄峰和尚亲往江南，请回《大藏经》一部，计有1465函，在圆觉寺建多宝殿贮藏。玄峰苦心经营二十余年，将圆觉寺建成一所初具规模的禅宗寺院。
从前的圆觉寺，曾几度荒芜，又几度重修。明景泰四年（1453年），朝廷派驻云南的太监黎义曾修圆觉寺，陈宜《敕赐华亭寺碑记》载：“拓其址而弘其规则。”经过重修，“中为大光明五光佛殿。后为佛华宝阁，殿之左右为清隐殿、僧堂、齐堂、方丈、僧寮、设像崇严，彩绘鲜丽”。至“天顺间，钦赐名曰华亭寺”。