新沂博物馆内设办公室、技术部、群工部、保卫部四个部门。专业技术人员职岗设置:副研究馆员1名、中级职称3名、初级职称3名,平均年龄35岁。历年来,在各级专业报刊上发表研究文章数十篇,具有一定的研究水平。
博物馆主体楼的一楼为办公库房区,二、三楼为陈列展区,
陈列面积为1600平方米。博物馆馆藏各类文物约1500件,以史前和两汉时期文物为主,尤其史前新石器时期文物数量丰富、器型多样,制作精美,在徐州地区享有盛名。目前基本陈列为“新沂古代历史与文化——史前?两汉文物陈列”,由序厅、“文明之光”、“汉风古韵”三个展厅五个展区组成。“文明之光”厅通过境内新石器时代花厅遗址与小徐庄遗址出土的部分精美文物突出展现了新沂丰厚文化底蕴和悠久的历史;“汉风古韵”厅则由数十年征集和出土的汉代铁、铜、陶、瓷、玉等器物集中体现了我市汉文化的博大精深。制作精致的基本陈列受到来访专家学者的一致好评。
此外,三楼新沂城市规划展馆现代时尚,设备先进,集声、光、电效果于一体,配置触摸式自动语音讲解系统。临时展厅可供举办各种类型的专题文物展览,以及承办、协办展示精神文明和物质文明建设成果的各类临时性展览。