南宋推崇程、朱理学,元代以后历代王朝倡兴理学。理学家重视对理欲、心物、义利、道德、天人及其关系的逻辑论证,著述宏富,提升了徽州文化的理性思维,培养了深厚的理性主义传统。 朱熹提出了“天理”、“气”、“格物致知”、“知行为一”等一系列重要思想范畴。他认为“理”是至高和包罗一切的,故称“理学”。他所说的“理”,实际上指封建伦理纲常。而且认为“理”是永恒存在的,企图使封建伦理永恒化。他还认为理和气不能相离,在哲学上发展了二程关于理气关系的学说。朱熹广收弟子,亲自讲学,门生遍布各地,有学术成就、政治建树者颇多,这使朱熹学派成为理学史上最有势力的学派。他曾三度回徽省亲,每次逗留数月,所以徽州从其学者甚众。程朱理学成为徽州正统的学术思想,徽州学者对程朱理学更是信奉不移。