该办法从享受免税优惠的主体资格、教育储蓄的额度、开户、存期、利率优惠、证明的管理、教育储蓄的支取、税务机构和储蓄机构的后续管理、违法办理教育储蓄的法律责任等几个方面，规范教育储蓄免税管理。
一是在原规定教育储蓄最高限额2万元的基础上，明确细化了教育储蓄额度问题。办法规定，享受免征利息税优惠政策的对象必须是正在接受非义务教育的在校学生，其在就读全日制高中（中专）、大学本科（大专）、硕士和博士研究生时，每个学习阶段可分别享受一次2万元教育储蓄的免税优惠,每一阶段教育储蓄本金合计不得超过2万元，本金合计超过2万元或一次性趸存本金的，一律不得享受教育储蓄免税的优惠政策。
二是对正在接受非义务教育的学生身份证明（以下简称“证明”）的印制、领取、开具和使用进行了明确。办法规定，教育储蓄到期前，储户必须持存折、户口簿或身份证到所在学校开具“证明”；“证明”由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局印制，由学校到所在地税务机关领取；“证明”一式三联，分别由学校留存、提供给储蓄机构、报送主管税务机关；教育储蓄到期时，储户必须持存折、户口簿或身份证和“证明”支取本息，储蓄机构应认真审核，对符合条件的，给予免税优惠，并在“证明”上加盖“已享受教育储蓄优惠”印章。
办法特别强调，对违反规定向纳税人、扣缴义务人提供“证明”，导致未缴、少缴个人所得税款的学校，税务机关可以处未缴、少缴税款1倍以下的罚款；对储蓄机构以教育储蓄名义进行揽储，未按规定办理教育储蓄，而造成应扣未扣税款的，应向纳税人追缴应纳税款，并对扣缴义务人处应扣未扣税款50%以上3倍以下的罚款。
