应用上述非自然技术方法会创造下列一些普遍道德问题，而这些道德问题也正是人们进行性别选择的主要原因：
性别歧视：如某一家长对男孩或女孩有特别喜爱倾向，会对生出来性别不合适的子女有所不利。例如，中国古有重男轻女文化和“一胎化政策”已经造成社会性别不平衡，中国全国数字显示，为每1000 个男孩，只有在833 个女孩诞生。印度2000年人口普查 显示在印度全国女性与男性出生比率为每1000 个男孩只有927 个女孩诞生；旁遮普邦 (Punjab)和哈里亚纳邦 (Haryana)的比率为每1000 个男孩出生，只766 个女孩。男女婚配对比率失调，并且不断加，将会导致买卖婚姻、换亲、拐卖妇女、性犯罪等等增多。
优生学：根据科学家发现的4000多种遗传性疾病中，有250种以上只发生在男性而较少在女性。PGD在美国使用主要为减少先天天缺陷和反常性孩子，但反对者担心使用PGD更多是基于优生学的目的。
心理涵义：如果无法获得所预期的性别的孩子，父母和孩子心理可受影响 。
违犯康德主义原则：有些争议认为，由于父母能够选择他们的孩子性别，使得父母使用孩子履行他们自己的欲望，而不是尊重孩子个人。