微体化石来源于古生物界的多种类型，从其保存的特点看，可分以下几种类型：①微体古生物的完整 骨骼，例如硅藻、有孔虫、放射虫、介形虫等。②大古生物骨骼中的一些微小部分，脱离本体后，可单独保存为化石。如棘皮动物的微小骨板或刺、海绵骨针、鱼牙、鱼鳞、小哺乳动物的牙齿等。③古生物的微小器官，在成熟后与本体分离，或被破坏而与本体分离，此后被保存为化石，如轮藻的藏卵器、高等植物的孢子、花粉等。④某些通常形成大化石的门类的微小幼体或其中特别小的成体，保存为化石后，也须借显微镜进行研究，目前有腕足类、双壳类、腹足类、棘皮类及著名的小壳化石等。⑤某些群体生物如苔藓虫、层孔虫等，在对其进行研究时也必须借助显微镜才能研究其每一个体的细节。

微体古生物研究时，首先要在地面或钻井岩心中取样，然后要经过多种方法(物理、化学)的处理，包括破碎、分离、筛选等步骤，最后针对化石类别通过不同放大倍率的显微镜进行观察研究。

在不同国家的古生物学者中对微体化石的范畴有不同的看法，如层孔虫、苔藓虫等在国外多不视为微体古生物学的研究范围，在中国则作为微体古生物学的范畴。在诸如珊瑚、小哺乳动物牙齿、鱼牙、鱼鳞等，国外都不作为微体古生物学研究范围。但随着石油勘探和海洋调查及其他方面的需要，同时基于技术方法的不断改进，在古生物学领域内微体古生物学将继续得到优先发展。随之是工作的范畴、内容及方法以至理论上将不断发生变化。