1988-1993年,就职于中国人民银行金融管理司;
1993-1995年,历任国务院证券委办公室处长、中国证监会办公室副主任;
1995-1997年,任深圳证券交易所副总经理;
1998-2000年,任中国证监会副秘书长兼国际合作部主任、政策研究室副主任(主持工作)、深圳证券监督管理办公室党委书记、主任;
2000年9月至2008年2月,任深圳证券交易所党委副书记、总经理;
2008年2月至2012年9月,任上海证券交易所党委副书记、总经理;
2012年9月10日,中国证监会党委委员、主席助理吴利军代表中国证监会党委宣布:根据工作需要,张育军不再担任上海证券交易所党委副书记、总经理,调任中国证券监督管理委员会主席助理。