保护区海岸外层为海漫淤泥,淤泥沙质,局部为玄武岩,陆地土壤新圩北界村为玄武岩砖红壤,土层深厚肥沃,其余大部分是浅海沉积砖红壤,土层深厚,有机质少,肥力较差。滨海地带为沙地,潮间带为盐溃淤泥、半沙半泥或泥。气候特点是光热资源丰富,雨量充沛,年均温22.9℃,极端高温37.4℃,终年无霜,年均降水量1663毫米,相对湿度82%,年平均风速3.4米/秒,常出现7~10级台风或大风。
它由该半岛东侧和西侧的海域、陆域及全部滩涂组成。东侧是火山灰发育的土壤,滩涂淤泥肥沃,红树林生长特别茂盛。西岸滩涂全为淤泥质,适宣红树林生长。而且保护区所处地理位置光热条件较好,冬季低温影响小,海湾侵入内陆,封闭性好,风浪、潮汐、余流的作用较弱,岸滩比较稳定,海水污染程度很低,水质洁净,是红树林大面积分布和生存的理想区域,构成良好的生态系统。这里是我国大陆海岸发育较好、连片较大、结构典型、保存较好的天然红树林分布区。区内的红树林是我国大陆海岸红树林典型代表,发育良好,结构独特,连片较大,保存较完整的天然红树林。