明清时期通常在大运河沿岸派遣巡漕御史，但是否派遣以及派遣人数、派遣地点等也不时有所变动。如据《清史稿》记载，顺治初设巡漕御史一人，顺治十四年停。雍正七年确定差派淮安、通州两地巡漕御史各二人。乾隆二十年改差淮安、济宁、天津、通州等地巡漕御史各一人，十七年增差通州巡漕御史为四人。
根据《明史‧职官志》及《清史稿‧职官志》的有关记载，都察院监察御史本来就负有查纠百司官邪、天子耳目风纪之职责。监察御史如外出，无论巡盐、巡漕、巡关，则“各以其事专监察”。因此，巡漕御史对于涉及漕运的事务，均有巡视、查察、纠劾、章奏等职权。