2003年10月1日，文部科学省宇宙科学研究所（ISAS）、航空宇宙技术研究所（NAL）、宇宙开发事业团（NASDA）合并成今天的宇宙航空研究开发机构。
此前，宇宙科学研究所的责任是宇宙与行星的研究。同时，航空宇宙技术研究所集中在航空研究。1969年10月1日建立的宇宙开发事业团曾经开发过火箭和卫星，也制作了国际空间站的日本太空实验室。宇宙开发事业团也训练过宇航员参与美国的航天飞机计划。合并后，宇宙开发事业团总部改为了现在的种子岛宇宙中心。
此前，宇宙科学研究所的责任是宇宙与行星的研究。同时，航空宇宙技术研究所集中在航空研究。1969年10月1日建立的宇宙开发事业团曾经开发过火箭和卫星，也制作了国际空间站的日本太空实验室。宇宙开发事业团也训练过宇航员参与美国的航天飞机计划。合并后，宇宙开发事业团总部改为了现在的种子岛宇宙中心。