大小麦哲伦星系是以16世纪葡萄牙著名航海家麦哲伦的名字命名的。1519年9月20日，麦哲伦在西班牙国王的支持下，率领一支200多人的船队，从西班牙的一个港口出发，开始了人类历史上第一次环绕地球的航行。1520年10月份，麦哲伦带领船队沿巴西海岸南下时，每天晚上抬头就能看到天顶附近有两个视面积很大的、十分明亮的云雾状天体。麦哲伦注意到这两个非同一般的天体，并把它们详细地记录在自己的航海日记中。麦哲伦本人后来航行到菲律宾时被一个小岛上的土著居民杀害了，但是他的18名部下在历经了千难万险、经过几乎整整3年之后，终于在1522年9月6日回到了西班牙，完成了这次环绕地球航行的壮举。为了纪念麦哲伦的伟大功绩，后人就用他的名字命名了南天这两个最醒目的云雾状天体，称之为大麦哲伦云和小麦哲伦云，因为当时人们还不知道它们实际上是两个河外星系。