共同基金通过设立两个帐户(第一帐户和第二帐户)来运营,第一帐户专为国际缓冲储存或国际协调的缓冲储存提供资金而设立,由成员国分摊认购。缓冲储存的作用是干预市场,稳定价格。当国际市场供过于求、价格下跌至下限时,共同基金就买进,使价格回升至合理范围,反之则卖出,如此周而复始,人为地将价格稳定在约定的范围。价格上限、下限和合理范围均由共同基金协议商定。第二帐户是为储存以外的所筹集的资金而设立,主要由成员国自愿捐献,用于旨在促进初级产品开发和多样化的研究与开发、提高生产率以及销售等。
按照共同基金协定,第一帐户资本为4亿美元,第二帐户资本为3.5亿美元,两个帐户的资本总额为7.5亿美元,应由当时163个联合国成员国直接分摊4.7亿美元,自愿捐款2.8亿美元。实际上,两个帐户项下实有资金仍远未达到协定额度。
共同基金对第二帐户资金的使用确定了两个目标,即改善初级产品市场条件和提高初级产品的长期竞争力。第二帐户的资金不能用于资助国别项目。成员国如欲使用该帐户项下的资金,必须联合其它成员国通过与共同基金有联系的国际商品组织(如联合国粮农组织)提出申请。项目由感兴趣的成员国共同执行,其结果应使成员国共同受益。