吴钟峦其先人吴肇，为建文帝大臣，靖难之变后隐居不出。少年时候，喜欢读《坛经》，又好讲黄老长生之术。后来在东林书院听了顾宪成的讲学，叹曰：“保身养性，取之儒学就可以了，不必远求佛教和道教。”于是拜入东林党门墙，为东林重要人物李应升座师。而与东林诸公高攀龙、缪昌期为善。
崇祯四年拔贡第一，当时东林党大佬周廷儒为首辅大学士，打算破格提拔他，任用其为高官。吴钟峦固辞，按照贡生的常例，选为光州教谕。后来凭借自己的本事，连科及第，选授长兴知县，任上体恤百姓，以清敏著称。当时社会上流行“经世致用”的学说，而吴钟峦却说：“不明于生死，必不能忠孝。不能忠孝，虽有经济之才，何益哉？”后来与督饷的宦官及巡按御史产生矛盾，降职到广西去任推官。
弘光元年授礼部主事。后从鲁王监国入海，自尽殉国。死前曾对门人说：“我死遂焚，无令此身入清土。”但其门人没有照办，后来还是将其葬于吴氏祖墓。