东方广场施工因此而暂停数月，由中科院古脊椎动物与古人类研究所对遗址进行了抢救性的发掘。在发掘过程中，发现周口店猿人头盖骨的中科院贾兰坡院士和侯仁之、刘东生院士以及中国著名考古学家张森水、吕遵谔都亲临现场指导。为了保护这一考古发现，北京东城区政府和东方广场有限公司共同投资在东方广场地下十几米深处建立了遗址博物馆。
根据发掘考证，在25000年前今天的北京王府井地区还是一片河谷，北京地区的古人类就在此生息、繁衍。这个博物馆将尽量按照原貌陈列在原址发现的石砧、石锤、石核、石刀，还有骨制的铲、刀等工具，在这里还陈列有更生纪晚期人类用火的遗物、遗迹和原始牛、鹿、鸵鸟的骨胳。展览配有大量的照片、雕塑和现代光电技术生动再现了25000年前人类在今天的王府井地区生活、狩猎、制造工具的场景。