厦门市科学技术协会成立于1958年。1950年12月，厦门市军事管制委员会文教部根据全国第一次自然科学工作者代表会议关于在各地相应成立省、市自然科学和科学技术普及临时工作委员会的精神，召开全市自然科学工作者代表会议，成立市自然科学专门学会联合会筹备委员会，推选汪德耀、唐世风、卢嘉锡等10人为筹委会委员。1953年9月，中共厦门市委召开全市科技工作者代表会议，讨论成立市科学技术普及协会筹备委员会事宜。1957年3月10日，市科普协会筹委会召开会员大会，正式成立市科普协会，选举卢嘉锡、王允晓等33人为第一届委员。1958年12月3日，厦门市科联(筹委会)和科普协会正式合并为厦门市科学技术协会(简称科协)，由卢嘉锡任主席，会址设在中山路人民银行四楼中苏友协楼里。配备专职副主席和专职干事各1名，与市科委合署办公，实行“一套班子，两块牌子”，统一领导，各司其职。1966年底，受“文化大革命”影响，市科协机构处于瘫痪状态，科普活动和学术活动被迫中断。1973年9月，经市革委会生产指挥部批准，成立厦门市科技交流站，由原市科协和原计量标准管理所修配厂10多名职工组成，隶属市科技局领导。同年底，市科技交流站迁至市展览馆办公。1978年11月，市科协机构复建，市科协各学会工作、学术交流、科普活动逐步恢复。市科技交流站归属市科协领导。1984年，市科协从市科委独立出来，隶属市教科文委员会领导。1986年6月，市教科文委员会撤销后，直属市委领导。1988年4月，市科协迁至厦门市公园南路2号。内设机构有学会部、普及部、国际部、办公室。下属两个事业单位：科技干部进修培训中心、科技咨询服务中心。

厦门市科学技术协会成立以后，先后召开过4次代表大会：

1962年4月23～27日召开，到会代表195人。大会的主要任务是：学习广州会议精神，充分调动科学技术工作者为社会主义建设服务的积极性和创造性，贯彻执行地方科技工作为当时、当地生产服务；贯彻农业“八字”方针，大力支援农业；贯彻党的科学研究工作“十四条”和“百花齐放”的科技方针。大会选举产生厦门市科学技术协会第一届委员会委员69名。选举何景为主任委员，常委23名。下设学会工作、普及宣传、为工业服务、为农业服务等5个工作委员会。

1981年9月26～28日召开，到会代表300人。大会的主要任务是：贯彻调整方针，为促进厦门国民经济发展和建设作出贡献。市委书记陆自奋、省科协主席陆维特出席会议并作重要讲话。大会选举产生由87人组成的市科学技术协会第二届委员会。推选李来荣为市科协主席，常务委员29名。

1986年12月27日召开，到会代表471人。大会的中心任务是：团结奋斗，改革开放，为两个文明建设贡献才智。大会提出五年的奋斗目标：为特区建设服务，大力发展外引内联合作与科学交流活动；努力提高全市人民的科学文化素质；协助100个老企业和乡镇企业进行技术改造，开展1000项科技咨询服务，组织1万人次的专业技术培训。大会选举产生由119人组成的第三届委员会。选举蔡启瑞为市科协主席，常务委员37名。大会还向全市科技工作者发出《关于加强科技队伍精神文明建设的倡议书》。

1992年7月22～23日召开，到会代表249人，特邀代表33名，列席代表83名。大会的中心任务是：学习和贯彻中共中央[1992]2号文件精神，贯彻中国科协、省科协“四大”精神，组织动员全市科技工作者肩负起向新科技革命进军的历史责任，坚定不移地全面贯彻执行党的基本路线，进一步解放思想，抓住有利时机，加快改革开放步伐，集中精力把经济建设搞上去，为完成历史使命，实现现代化蓝图，更快更好地建设具有中国特色的社会主义经济特区，为实现“用20年或更短的时间，使本市人均国民生产总值赶上亚洲‘四小龙’，建成社会主义自由港”目标而努力奋斗。大会选举产生由118人组成的第四届委员会。选举林祖赓为市科协主席，常务委员42名。