日本京都北朝同吉野南朝对峙的时代。始于足利尊氏自北九州进入京都拥立光明天皇、后醍醐天皇由京都南逃在吉野建立朝廷的1336年，终于两朝合并的1392年。也有史书把上限断在镰仓幕府灭亡的1333年。两朝各有年号，在自己辖区内使用。北朝实权掌握在足利手中，1336年足利尊氏开创室町幕府,制定《建武式目》。1338年自任征夷大将军，不断发动对南朝的进攻。南朝建立不久，军事支柱北畠显家、新田义贞等相继战死，后醍醐天皇病死，势力衰退。但由于幕府统治集团内部倾轧激烈，南北朝对峙的局面仍得以维持。在这一时期，各地守护日益发展，成为封建割据的守护大名(领主)，对抗幕府,而幕府的内争又常常与南北朝之争有关,从而使南北朝的争斗复杂化。尊氏之孙足利义满统治之时,幕府统治趋于稳定。1392年经足利义满提议，两朝以南朝后龟山天皇让位给北朝后小松天皇的形式实现合并。此后皇位由北朝子孙继承。

南北朝时代商品经济发达，庄园自给经济加速解体，庄园内部农民自主性高涨，农村自治体出现，农民减租抗暴运动兴起。幕府推行的一系列土地政策使各守护日益蚕食并掌握其辖区的庄园。因此这个时代是日本封建社会从庄园制度向领国制度过渡的重要阶段，同时，贵族封建主阶级走向没落，武士封建主阶级势力则进一步扩张。

南北朝时代维持近60年，其间两个皇统何为正统的问题，日本历史上向有争论，即所谓“南北朝正闰论”。明治年间这一争论被当作重大政治问题对待。1911年明治政府根据天皇敕裁，决定南朝为正统，足利尊氏为逆贼，并以此修改历史教科书，但有些学者一直否认正闰说。