基础医学院承担医学部基础医学、临床医学、口腔医学、医学实验学、医学检验学等本、专科专业的基础医
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学课程教学。每年完成3000余名学生的30余门必修课、10余门选修课的多轨道、多层次教学任务。
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在2003年全国基础医学一级学科评估中，基础医学院在学术队伍、科学研究、人才培养和学术声誉等四个方面的整体水平排名荣获第一。
基础医学院自1978年恢复研究生招生以来，已招收研究生1659名，其中博士生636人、硕士生1023人。目前博士后流动站在站人员15名、在读博士和硕士研究生364名。基础医学院培养的学生以学风严谨，实践综合能力强，开拓创新潜力大等优点多次受到国内、外的教育和研究部门的赞誉。许多毕业生已成为国内外生物医学学科的学术带头人或学术骨干。
基础医学院现有教职工404人，其中教授57人、副教授61人；具有博士学位者108人，硕士学位者78人。学院以师资力量雄厚、治学严谨著称，拥有一批国内外著名的专家学者。其中中国科学院院士4人、工程院院士1人、“长江计划特聘教授”7人、博士生导师49人。
基础医学院主要从事生物医学领域的基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力。1980年-2005年获得各类科技成果奖164项。其中国家自然科学奖3项、国家科技进步奖6项、部委和北京市科技进步奖130项、国家及国际发明专利12项、其他科技成果奖13项；2000年-2005年发表科研论文1943篇，其中有5篇论文获得全国优秀博士论文，SCI收录刊物发表论文549篇；2000年-2005年承担各类科研课题561项，共获科研经费约21153万元。其中承担“973国家重点基础研究项目”21项，获准“973”项目经费3061万元；承担国家科技攻关项目和“863高技术项目”26项，获经费2456万元；承担国家自然科学基金项目156项，获经费3775万元。
基础医学院近年来逐渐加强生物技术和医药产品的研究开发，在科技开发工作中也取得一些重大进展。在基因工程药物、肿瘤的免疫治疗、自身免疫病治疗、心血管疾病的基因治疗、干细胞治疗神经系统退行性疾病和角膜疾病、诊断试剂研制等领域，一批研究开发项目已取得动物实验或临床试用的良好效果，具有很好的应用前景。
基础医学院十分重视国际间医学的交流与合作，注重借鉴世界先进的医学研究成果和教学经验，不断提高整体办学水平。与世界一流医学院校和科研机构开展项目合作研究、人员交流、合作举办国际会议等多种形式，已建立了广泛的密切联系。历经50年的发展历程，现在的北京大学基础医学院已成为国内较著名的、以发展多层次基础医学教育、研究人类生命科学和防治疾病的基础理论为主要任务的教学科研中心之一，是国家基础医学领域高级专门人才的培训基地之一。