洗涤剂工业：
洗衣粉里的酶主要是脂肪酶， 分解油污用的碱性蛋白酶类 易于洗去衣物上的血渍、奶渍等污渍，加酶洗衣粉不能用于丝、毛等天然蛋白质纤维类织品的洗涤。 淀粉酶类餐厅洗碗机的洗涤剂，用于去除难溶的淀粉残迹等。
烘烤食品：
真菌产生的a一淀粉酶 催化淀粉降解成可被酵母利用的糖，面包等食品制作等 蛋白酶类（饼干松化剂） 制作饼干过程中，水解面粉中的蛋白质；乳制品生产中，水解乳清蛋白。有利于食品中蛋白类营养的消化吸收。
酿酒工业：
麦芽中的淀粉酶、蛋白酶、葡聚糖酶。 将酿酒原料淀粉和蛋白质降解成能被酵母利用的单糖、氨基酸和肽，从而提高乙醇的产量。
β一葡聚糖酶 分解β-葡聚糖，降低麦汁粘度，加快麦汁过滤速度，避免因β-葡聚糖引起的啤酒混浊。
木瓜蛋白酶 去除啤酒储存过程中生成的混沌物
其它应用
肉类烹饪：
木瓜蛋白酶（嫩肉粉）菠萝蛋白酶 分解肉的胶原蛋白，使肉类嫩滑。木瓜蛋白酶的最适宜温度为600C，适宜pH7-7．5，不要在高温和酸性环境下使用。
乳制品工业：
凝乳酶 奶酪生产的凝结剂，并可用于分解蛋白质。
酸奶，用的是乳酸菌内的酶，可以把牛奶中的蛋白质变成可口的乳酸
乳糖酶 降解乳糖为葡萄糖和半乳糖，获得没有乳糖的牛乳制品，有利于乳品的消化吸收：
果汁生产： 果胶酶、纤维素酶。 处理果肉，提高出汁率、缩短出汁时间、提高果汁质量。
制糖工业： 淀粉酶等 将淀粉转化为葡萄糖及各类糖浆
葡萄糖异构酶 用于将葡萄糖转化为甜度高的果糖，生产高果糖浆。
淀粉酶：广泛地应用于纺织品的褪浆，其中细菌淀粉酶能忍受100～110℃的高温操作条件。