贯彻执行国家关于农产品质量安全管理及认证等方面的法律、法规和规章制度；组织实施无公害农产品认证及产地认定工作；负责农产品地理标志登记管理的审查和专家评审工作；组织制定无公害农产品和农产品地理标志登记管理技术规范；监督管理无公害农产品标志和农产品地理标志使用；委托管理无公害农产品和地理标志农产品定点检测机构及标志印制单位；对口指导地方各级农产品质量安全工作机构、无公害农产品工作机构和农产品地理标志登记保护工作机构工作；负责无公害农产品检查员、农产品地理标志核查员培训注册管理；开展农产品质量安全信息交流和国际合作；组织实施无公害农产品和农产品地理标志证后管理监督抽查，组织开展无公害农产品和地理标志农产品包装标识监督检查；配合有关部门实施农产品质量安全执法监督管理；完成农业部交办的其它工作。

农业部农产品质量安全中心内设办公室、审核处、监督处、技术处、地理标志处五个职能部门，下设种植业分中心、畜牧业分中心和渔业分中心。建有全国无公害农产品认证专家评审委员会和农产品地理标志登记专家评审委员会，省级各农业、畜牧、渔业、农垦主管部门设有66个工作机构（省级农产品质量安全中心、无公害农产品管理办公室，农产品地理标志管理办公室），委托认可有181个无公害农产品检测机构和210个环境检测机构。

协助中心领导处理日常工作；负责协调中心内部的党务、政务及对外联络、宣传工作；负责中心主任会议、主任办公会议及以中心名义召开的各类会议的组织工作；负责中心内部管理的规章制度的建立，并监督实施；负责中心发文核稿、文件印刷、公文运转、档案管理及保密工作；起草中心工作计划、工作总结以及调研报告和文件；负责中心人事、劳资、财务、统计工作；制作和发放认证证书。

提出《实施认证的产品目录》；负责制（修）订中心质量管理体系文件和认证工作制度、规范和标准；负责检查员培训、注册和管理；开展农产品质量安全认证的国际技术交流与合作；负责编写相关培训教材和工作手册，制定和实施农产品质量安全及无公害农产品培训规划和计划；组织开展农产品质量安全及无公害农产品标准、技术的研究、开发与推广；选定、委托和管理产品检测机构。

研究制定中心认证规划和年度计划；制（修）订认证程序；审核分中心上报的审查意见，向评审委员会提交认证报告；编制获证产品目录；接受无公害农产品产地认定备案，编制获证产地目录；负责检查员的年度考评工作；负责评审委员会的日常工作。

负责办理认证标志的使用手续和标志发放工作；监督和管理无公害农产品标志的使用；跟踪检查获证产品；受理投诉和认证结论异议申诉；监督管理认证标志的印制；组织和配合有关部门开展市场监督与管理工作。

负责拟定农产品地理标志登记管理相关程序文件和技术性规范；受理省级农产品地理标志管理机构初审意见并进行形式审查，提出审查意见；组织农产品地理标志登记评审委员会专家对申报产品进行专家评审；组织开展农产品地理标志登记现场确认检查和证后的监督检查工作；组织实施农产品地理标志登记公示；受理公示异议并组织复核；受理省级农产品地理标志管理机构对登记证书变更、撤销意见并组织审查和报批；负责全国统一可追溯防伪加贴型农产品地理标志的设计、制作及使用监督；负责农产品地理标志相关信息系统建设和统计、公报、年鉴编制工作；组织开展农产品地理标志核查员及相关管理人员、专业技术人员培训；组织管理农产品地理标志检测机构并进行日常性工作交流；组织开展农产品地理标志相关科研交流和国际合作；承担农产品地理标志相关政策研究和规划计划拟定工作；完成中心领导交办的其他工作。

受理种植业相关产品生产单位和个人提出的认证申请，并组织检查员对认证产品进行型式和文件审查，并出 具审查意见上报中心； 组织对申报产品的现场检查，出具现场检查报告； 下达产品抽检任务，审查产品检验报 告；负责提出种植业产品认证工作计划及规划，并负责认证产品的统计工作；承担 或参与有关无公害农产品标准的制定；配合中心监督和管理种植业相关产品认证标志的使用；配合中心监督、检查种植业检测机构工作质量；协助中心做好无公害农产品的宣传工作； 协助中心做好认证检查员资质认可和业务指导工作；协助中心开展培训 工作；完成中心下达的其它任务。

受理畜牧业相关产品生产单位和个人提出的认证申请，并组织检查员对认证产品进行型式和文件审查， 并出 具审查意见上报中心；组织对申报产品的现场检查， 出具现场检查报告；下达产品抽检任务，审查产品检验报 告；负责提出畜牧业产品认证工作计划及规划，并负责认证产品的统计工作；承担或参与有关无公害农产品标准 的制定；配合中心监督和管理畜牧业相关产品认证标志的使用；配合中心监督、检查畜牧业检测机构工作质量；协助中心做好无公害农产品的宣传工作 ；协助中心做好认证检查员资质认可和业务指导工作 ；协助中心开展培训工作；完成中心下达的其它任务。

受理渔业相关产品生产单位和个人提出的认证申请，并组织检查员对认证产品进行型式和文件审查，并出具审查意见上报中心；组织对申报产品的现场检查，出具现场检查报告；下达产品抽检任务，审查产品检验报告；负责提出渔业产品认证工作计划及规划，并负责认证产品的统计工作；承担或参与有关无公害农产品标准的制定；配合中心监督和管理渔业相关产品认证标志的使用；配合中心监督、检查渔业检测机构工作质量；协助中心做好无公害农产品的宣传工作；协助中心做好认证检查员资质认可和业务指导工作；协助中心开展培训工作；完成中心下达的其它任务。