而CEPF就是要在这些至关重要的地区开展工作。其中，发展中国家的热点地区是CEPF的投资重点，因为经济发展和人口的压力往往使这些地区面临比其它地方更多的威胁。CEPF在这些地区策略性地选择优先区域实施保护，以期产生最大影响。到目前为止，它的资金已经开始在以下13个热点地区的优先区域使用：
·大西洋森林地区（巴西）
·海角开普（Cape）植物区 （南非）
·乔可-达里安-西厄瓜多尔（Chocó-Darién-Western Ecuador）地区（哥伦比亚和厄瓜多尔）
·坦桑尼亚、肯尼亚的东弧山和海岸森林
·西非几内亚森林地区（科特迪瓦、加纳、几内亚、塞拉利昂和多哥）
·马达加斯加和印度洋岛屿地区（马达加斯加）
·中美洲（北中美洲：伯利兹，圭第马拉，墨西哥和南中美洲：尼加拉瓜、哥斯达黎加、巴拿马）
·中国西南部山地区
·菲律宾群岛
·肉质植物干燥高原(纳米比亚和南非)
·巽他群岛桑达兰（Sundaland） (印度尼西亚的苏门答腊岛)
·热带安第斯山地区 (玻利维亚和秘鲁)
CEPF的支持项目还将逐年扩大到其它优先区和热点地区。