其基本结构为：国家及其各级政府并财政和爱卫会→卫生部→防疫司→国家疾病预防控制中心→省级卫生厅及其疾病预防控制中心→地市级卫生局及其疾病预防控制中心→县市级卫生局及其疾病预防控制中心→乡镇（办事处）卫生院防疫科→村（居委会）及社区卫生服务站和保障医疗机构并防治专业人员。其总任务是：负责辖区的疾病监测、预防、控制。
具体任务是：做好公共场所、学校、劳动、放射、食品等五大卫生监督监测管理；做好预防接种、消杀、从业人员体检、卫生宣教、传染病预防控制和救治；应对突发公共卫生事件；建立并监控辖区人群健康信息，指导并治疗患者，监测并报告相关信息；研究和预测辖区人群健康态势，制修订并实施防治规划，调整防治方案等。所以，“公共卫生体系”应该是“由政府主导并全力支持的、集疾病监测、预防、控制和治疗于一体的公共卫生工作系统”
公共卫生体系主要指各级卫生行政部门、疾病预防控制机构、卫生监督管理机构、医疗救治机构和公共卫生研究机构等。为了应对各种重大突发公共卫生事件，一些发达国家将公共卫生体系建设纳入国防安全、经济安全等现代大安全范围之中。
当前，我国公共卫生体系建设的总目标是，争取用三年左右的时间建立健全我国突发公共卫生事件应急机制、疾病预防控制体系和卫生执法监督体系；用更长一段时间，完善农村初级卫生保健体系、城市基本医疗服务体系、环境卫生体系和财政经费保障体系，满足城乡居民的基本卫生服务需求，不断提高广大人民群众的健康水平。