原称祁家窝棚，建于1917年，逐渐形成聚落。东北沦陷后，1933年日本侵占勃利后，隶属十五甲。1936年改名倭肯，1938年5月隶属连珠岗村，1941年改设倭肯村。1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属第二区管辖。1948年3月，改为倭肯区。1951年2月，改为第六区。1956年3月，设置倭肯乡。1958年9月，改称倭肯人民公社。1984年3月，改为倭肯镇。

倭肯镇辖境地处吉兴河汇入倭肯河河滩平原地，土壤多为黑土。全镇总面积98．4平方公里，耕地面积9．2万亩，主要农作物有玉米、大豆、水稻等。镇办工业有造纸、红砖、烟花厂等，名牌传统产品“包字镰刀”驰名省内外，1992年乡镇企业总产值1031万元。全镇共辖忠义、正阳、小连、西连、东连、新村、高峰、兴胜、东升、西南、西北、东南、东北、长和、德福、平安、民主等17个村。1992年末全镇总人口2．1万人，其中非农业人口3813人；满、朝鲜等少数民族人口约占11%。镇政府驻于倭肯镇内。