嘉靖《建阳县志》卷六载：“云谷书院在建阳县西北七十里庐山之巅”。万历《建阳县志》卷二载：“云谷在崇泰里（今莒口镇东山村），宋乾道六年（1170），朱文公构草堂于中，榜曰‘晦庵’。”这里山势高耸，翠岚环绕，飞云飘荡其间。山下有谷水西南流。至七里许，涧中巨石相倚，水行其间，奔迫澎湃，声震山谷。自外来者，至此则已观萧爽，觉与人境隔异。云谷西南为西山，两山对峙相望。淳熙二年（1175）理学家蔡元定筑“西山精舍”于此。每有疑难，则揭灯相望，与朱子频相过从。云谷书院建成后，刘爚、刘炳、祝穆、叶味道等均从学于此。朱子云谷《讲道》诗云：“高居远尘杂，崇论探杳冥。亹亹玄远驶，林林群动争。天道固如此，吾生得安宁。”由此可见，朱熹与朋友、学生讨论学术激烈争辩，追求理学真谛的情景。朱子题晦庵诗云：“忆昔屏山（刘子翚）翁，示我一言教。自信久未能，岩栖冀微效。”题草庐诗云：“青山绕蓬庐，白云障幽户。卒岁聊自娱，时人莫留顾。”朱子《云谷记》中有“堂后结草为庐”之语，“堂”为读书讲学之所；“庐”，则为寝室、厨房之类。书院至元朝后期圯毁。明朝成化年间，佥事谈俊捐俸并令其九世孙格重建云谷书院。清代后亦废。