光合作用研究中心:源于1978年成立的光合作用研究室,1998年成立光合作用研究中心。主要探索光合作用功能调控的分子机理。重点研究领域包括光合膜蛋白和膜脂的结构与功能、光合作用生物发生的功能基因组学、藻类光合放氢和光合作用对环境适应的分子机理以及植物功能离子组学和蛋白质组学。现有研究人员25名,其中中科院院士1人,博士生导师8人。中心主任:卢从明研究员。
资源植物分子与发育生物学研究中心:成立于1998年,由原细胞与基因工程、发育生物学、生殖生物学和植物化学等研究室组建而成。主要研究植物生殖与发育、抗逆、细胞分化和植物次生代谢等过程的分子调控,克隆植物有用基因并开发其在农、医和环境等领域的利用。现有研究人员32名,其中中科院院士1人,博士生导师(含院士)9人。中心主任:林金星研究员。
信号转导与代谢组学研究中心:成立于2005年10月。重点研究小分子功能化合物,特别是与植物生长发育、环境应答、抗病和抗逆反应有关的次生代谢物、激素及多肽等的功能,在分子、细胞和整体水平上探索植物信号转导的分子机制。现有研究人员8名,其中博士生导师4人。中心主任:刘春明研究员。