状况
海河水系污染严重，劣Ⅴ类水质断面占50%以上；辽河水系总体水质较差，劣Ⅴ类水质断面占40.6%；黄河水系总体水质较差，支流污染普遍严重；淮河干流以Ⅳ类水体为主，支流及省界河段水质仍然较差；松花江水系以Ⅳ类水体为主；珠江水系、长江干流及主要一级支流水质良好，以Ⅱ类水体为主。
按照综合污染指数比较，2003年度七大水系污染程度由重到轻依次为：海河、辽河、黄河、淮河、松花江、长江、珠江。
与上年相比，海河、辽河和淮河污染程度略有减轻，松花江、珠江和黄河支流污染加重。
七大水系主要呈现为有机污染，主要污染指标是石油类、生化需氧量、氨氮、高锰酸盐指数、挥发酚等。
主要水系
长江水系 国控监测断面103个，其中Ⅰ～Ⅲ水质比例占71.8%，Ⅳ～Ⅴ类占17.5%，劣Ⅴ类占10.7%。
长江水系的主要污染指标是石油类、氨氮。
黄河水系 黄河水系总体水质属中度污染，44个国控监测断面中，劣Ⅴ类水体占38.7%。干流22个断面中Ⅱ～Ⅲ类水质占31.8%、Ⅳ～Ⅴ类占54.6%、劣Ⅴ类占13.6%，干流水质好于支流。
主要污染
指标为石油类、氨氮和高锰酸盐指数。
珠江水系 珠江水系水质总体良好。33个国控监测断面中，81.8%的断面为Ⅰ～Ⅲ类水质，12.1%的断面属Ⅳ类水质，6.1%的断面属劣Ⅴ类水质。
主要污染指标是挥发酚、氨氮和石油类。
松花江水系 41个国控监测断面中，Ⅲ～劣Ⅴ类水质比例分别为：7.7%、64.1%、10.3%和17.9%。
嫩江和松花江干流以Ⅳ类水质为主。主要污染指标是石油类、氨氮和高锰酸盐指数。
淮河水系 86个国控监测断面中，Ⅱ～Ⅲ类水质断面占18.6%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占41.9%，劣Ⅴ类水质断面占39.5%。
淮河干流14个断面中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类水质比例分别为14.3%、21.4%、57.1%和7.1%。56.8%的省界河段水质为劣Ⅴ类。
主要污染指标为氨氮、石油类和生化需氧量。
海河水系 65个国控监测断面中，Ⅰ～Ⅲ类水质的断面占21.5%，Ⅳ、Ⅴ类水质的断面占24.6%，53.9%的断面为劣Ⅴ类水质。海河水系污染仍严重，但与去年相比水质有所改善。
海河主要污染指标为氨氮、生化需氧量和石油类。
辽河水系 37个国控监测断面中，满足Ⅲ类水质要求的断面占29.7%，Ⅳ、Ⅴ类水质的断面占29.7%，劣Ⅴ类水质断面为40.6%。辽河水系总体水质属中重污染。
主要污染指标为生化需氧量、石油类和挥发酚。
浙闽片河流 18条河流的30个断面中，Ⅱ类水质的断面占33.3%，Ⅲ类水质断面占30.0%，Ⅳ类水质断面占36.7%。主要污染指标是挥发酚、石油类和氨氮。
西南诸河 总体水质属较度污染。10条河流的17个断面中，Ⅰ、Ⅱ类水质的断面占58.8%，Ⅳ、Ⅴ类水质断面占29.4%，劣Ⅴ类水占11.8%。红河河口县河段的2个断面水质污染严重，主要污染指标是铅和高锰酸盐指数。
内陆河流 总体水质良好。7条河流的19个断面中，满足Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类水质的断面分别占21.1%、42.1%、21.0%和15.8%。主要污染指标是石油类。
三峡库区水质 三峡库区6个断面中，1个断面为Ⅲ类，其余5个断面均为Ⅱ类水质。
南水北调工程（东线）沿线水质 监测12个断面，Ⅱ类水质断面1个，占8.3%；Ⅳ类水质断面3个，占25.0%；Ⅴ类水质断面有2个，占16.7%；劣Ⅴ类水质断面有6个，占50.0%。主要污染指标是氨氮、生化需氧量和高锰酸盐指数。