《不灭的李舜臣》通过描述李舜臣、柳成龙、元均等人的人生，讲述维持7年的朝日战争 和败战的首要原因。

在该剧中，中国明朝的军队军备被严重弱化，明朝人物也不符合历史，刻画的明军将领相当无能，损毁明军形象，透露着没有明军朝鲜也能打败日本的意思。

李舜臣、柳成龙、元均三人的关系：这三人从小就是一起念书的同学，后来柳成龙去参加科举考试当文官，元均则习武当上了武官，李舜臣冒充兄长李耀臣参加科举考试却被识破，因此转而习武。三人长大后，元均和李舜臣都当上了水军将领，柳成龙则加入东人党成为了领议政。元均与李舜臣因为战功问题产生了矛盾，被朝廷党派利用，酿成了李舜臣被诬陷、元均被日军打死的惨剧。

李舜臣的婚姻问题：李舜臣的初恋情人是他武术师父南宫斗的女儿。可有一次倭寇胁坂康义杀死了南宫斗，强暴了南宫斗的女儿即李舜臣的情人。李舜臣则在胁坂康义的左眼旁边留下了一道深深的刀疤。而李舜臣与胁坂安治的梁子也结下了。后来李舜臣结交了朝廷官员方镇，与方镇的女儿结婚了。

明朝将领的问题：明朝第一个使者林世禄到朝鲜来，怀疑朝鲜与日本结盟来攻打 大明，所以不肯派出援军。朝鲜国王宣祖以及领议政柳成龙为了请求明朝出兵，就先后跪在 林世禄的面前求情。接着，明朝将领祖承训和李如松等人先后率军到朝鲜支援。但另一方面，明朝的使者谭宗仁、沈惟敬等人却瞒着朝鲜政府与日本的小西行长进行和谈。和谈破裂后，日军再次入侵朝鲜。明朝派杨镐等人援助朝鲜。柳成龙与杨镐组成了朝明联合军，屡战屡胜，多次打败日军将领加藤清正。杨镐很欣赏李舜臣的才能，引起了明朝陆军提督刘綎的不满。刘綎挑拨明朝水军都督陈璘与李舜臣的关系，一度使他们二人兵戎相见。在一次作战中，陈璘率领明朝水军遇到了小西行长的埋伏。陈璘的座舰被日军包围。陷入绝望的陈璘准备自杀谢罪。这时，李舜臣派麾下的一位老将军率领舰队前去救援。这位老将军虽然成功把陈璘救出来，但却不幸被日军火枪手击毙。经此一役，陈璘完全改变了对李舜臣的偏见，与李舜臣结下了深厚的友情。不久，丰臣秀吉病死，日军准备撤退。小西行长派要时罗去收买刘綎。要时罗绑架了刘綎的儿子，并用一千颗首级以及金银财宝利诱刘綎给小西行长留了一条活路。非但如此，刘綎还把放跑日军的责任加在李舜臣头上。在陈璘等人的帮助下，李舜臣的冤屈得以洗清。

在最后一场海战中，李舜臣、陈璘所率领的朝明联合军彻底打败了小西行长、加藤清正、岛津义弘和胁坂安治率领的日本水军，取得了胜利。 而李舜臣却不幸中弹殉国，他的侄子李莞穿上了李舜臣的战甲，冒充李舜臣指挥战斗，配合陈璘成功完成了任务。

丰臣秀吉之死：1598年，远在朝鲜战场的日军节节败退。丰臣秀吉一天晚上做梦 ，梦到李舜臣拿刀把他杀了。第二天，丰臣秀吉做了把龙椅，想过把皇帝瘾。德川家康耻笑他。丰臣秀吉拿刀要杀 家康。德川嘲笑丰臣野心太大。丰臣怒火攻心，吐血不止，幸被西笑承兑所救。不久，藤堂高虎在朝鲜战败逃回日本。丰臣秀吉要杀了藤堂。当他举起刀的时候，德川家康一把抓住了丰臣秀吉的手，警告他“丰臣家的时代已经过去了”。丰臣再次吐血。德川家康、藤堂高虎等丰臣家所有的家臣都弃丰臣而去，唯有西笑承兑留了下来，劝丰臣好生保重。当晚，大坂下起了暴雨。丰臣秀吉一人拖着病体走在雨中，脑海里浮现了千利休等因反对出兵朝鲜而被杀的日本人。秀吉大叫“朝鲜也好、明国也好，都不是我太阁的对手！”这个时候，秀吉忽然想到了那个李舜臣杀了他的梦，当梦中的李舜臣把刀插进秀吉脖子的时候，现实世界里的秀吉也因怒火中烧，吐血而死，倒在了大雨之中 。

李舜臣之死：1598年末，得知丰臣秀吉死讯的日军正在撤退。李舜臣、陈璘所率领的朝明联合水军发动了露梁海战，偷袭日军。日军伤亡惨重。不久，明军邓子龙所部被日军围困。李舜臣亲率水军赶往救援。为了鼓舞士气，李舜臣亲自敲击战鼓。一名阴险的日军火枪手瞄准了李舜臣，射出了致命的子弹。李舜臣被击中，生命垂危。临死前，李舜臣要他的侄子李莞穿戴起李舜臣的战甲冒充他指挥战斗。而李舜臣的部将宋希立就继续敲打战鼓助阵。在大家共同努力下，日军终于战败了。

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