高尔基体多少可以被看作是细胞的中转站。进出细胞的脂类、蛋白质等在这里被检查和处理：来自内质网的囊泡与高尔基体顺面融合并将其内容物倾入高尔基体腔。在运向高尔基体反面的过程中这些蛋白质被修饰，这些加工包括糖基化或磷酸化。各类蛋白质会被就其目的地而被标上不同的分子。比如要运送到溶酶体里去的蛋白质被标上甘露糖-6-磷酸盐。被处理后的蛋白质到达高尔基体的反面后就再被装在运输小泡里运到它们最终目的地。小泡的形状由装运的蛋白质和其标签分子决定。 高尔基体功能的一个例子是对细胞膜上的糖蛋白的加工。从内质网运来得是简单的糖化蛋白质。在高尔基体内这些分子上添加或者削减碳氢支链，造成众多不同的带有碳氢结构的蛋白质。离开高尔基体后它们被囊泡送到细胞膜，与细胞膜融合进入细胞膜。 高尔基体在细胞中脂质的运输以及在溶酶体、植物细胞壁形成的过程中也起重要作用。