虎之穴在1994年6月创业。其代表人物吉田博高在此之前是株式会社Softmap的从业员。店名及其营运社名的来源为日本漫画《老虎面具》（タイガーマスク）中所登场的职业摔角秘密社团“虎之穴”。 当时的虎之穴，位于秋叶原小巷内的混合式大楼“神林大楼”（神林ビル）3楼一房间的二手书店。这时已收集到为数不少的中古同人志，因而令喜欢同人志及处理品的爱好者经常在虎之穴及同大楼2楼的“湘南通商”（售卖二手电脑零件）这两层中走上走落以搜罗及抢购心头好。 1996年7月将有限公司法人化、同时新设了通信贩售部门（邮购）。此后，开始接受新刊同人志的委托贩售，并扩大其规模。在秋叶原及东京都内﹐如池袋・新宿等新设的店铺站稳阵脚后，于2000年3月进驻大阪，并开始在其它主要都市内广设店铺网。 2003年4月股份有限公司化。 2008年，将物流中心及其实务上总公司的机能陆续搬迁到千叶县市川市田尻的出租仓库（日本Logistech株式会社京叶市川中心）。虎之穴属下关连会社的总部也转移到同一建筑物之中。