蓝藻是最简单、也是最原始的绿色自养植物类群。植物体或单细胞、或多细胞丝状群体。蓝藻细胞中的原生质体不分化成细胞质和细胞核，而分化成周质( periplasm)和中央质(centroplasm)，故只有原始的核，而没有真正的核（缺乏核膜），是原核生物( procaryote)。周质中没有载色体（chromatophore），但有光合片层( photosynthetic lamella)，含有叶绿素a和藻蓝素(phycocyanobilin)，故植物体常呈蓝绿色，有的还有藻红素( phycoerythrin)而呈其他色泽。中央质具染色质。蓝藻淀粉（cyanophycean starch）为储藏物质。蓝藻门植物的繁殖方式主要有营养繁殖和无性繁殖，无有性生殖。营养繁殖是通过细胞的随接分裂，故蓝藻又称裂殖藻( schizophyta)。群体和丝状体的种类常形成藻殖段( hormogonium)发育为新个体。藻殖段是从丝状体中某些细胞死亡处、或从异形胞处、或从2个细胞之间分泌胶质形成的隔离盘处产生，也可机械地断为许多小段。无性生殖多数产生厚壁孢子，是藻体内的营养细胞体积增大，细胞壁加厚，积累营养物质而成的。厚壁孢子可长期休眠，渡过不良条件，待环境适宜时再萌发形成新个体。