琉璃市（日文︰ルネシティ Rune City，英文︰Sootopolis City）是丰缘地方东部靠中间的主要城市。它的原型是希腊的圣托里尼。 游戏中，琉璃市是重要的地点。主角将在这里首次遇见超古代宝可梦（盖欧卡S、E、固拉多R、E与烈空坐E)，并且将获得最后一个徽章。要抵达这里除了使用飞翔之外，必须要携带会冲浪与潜水的宝可梦。这里的入口在126号水道。 琉璃市是火山口的内部。很久之前，一座水下的火山喷发，然后伸出了海面。陆地中央的火山口因雨水聚积而形成湖泊。很快，人们发现这里的气候十分温暖，适宜居住，于是在这座火山口内建造了琉璃市。从琉璃市望向天空，会看到火山口的边缘，形成独特的风景。晚上，会觉得星星被围在火山口里面。