在江户时代以前,熊本藩的范围大概包括加藤清正及小西行长管治的领地。后者在关原之战参加西军,因战败后被德川军处死,其领土分配给加藤清正,成为52万石大名,清正时代建造熊本城,在清正管治期间,风评良好,后世称他为“清正公”。1632年,第二代藩主忠广因德川忠长事件而被处分,分配到出羽国羽冈藩,并由新领主细川氏管治,直到废藩置县为止,由细川氏所管治。 在管治初期,召回不少加藤氏家臣及肥后国人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主纲利7岁就任。1747年第五代藩主忠孝在江户被7000石旗本板仓胜该斩死,自此将家纹改变。