棉鼠亚科（学名：Sigmodontinae）是啮齿目仓鼠科的一个亚科，分布于美洲，种类很多： 稻鼠族（Oryzomyini） 稻鼠属（Oryzomys） 加拉帕戈斯稻鼠属（Nesoryzomys） 黑鼠属（Melanomys） 稻水鼠属（Sigmodontomys） 泳鼠属（Nectomys） Amphinectomys 小啸鼠属（Oligoryzomys） 鬃鼠属（Neacomys） 茎鼠属（Zygodontomys） Lundomys 泽鼠属（Holochilus） 伪稻鼠属（Pseudoryzomys） Microakodontomys 屋鼠属（Oecomys） 小稻鼠属（Microryzomys） 厄瓜多尔鬃鼠属（Scolomys） 南美岭鼠族（Thomasomyini） 哥伦比亚林鼠属（Chilomys） 阔面仓鼠属（Abrawayaomys） 下袍鼠属（Delomys） 南美岭鼠属（Thomasomys） 巴西岭鼠属（Wilfredomys） Aepomys 里约稻鼠属（Phaenomys） 桠鼠属（Rhagomys） 登鼠属（Rhipidomys） 红鼻鼠族（Wiedomyini） 红鼻鼠属（Wiedomys） 南美原鼠族（Akodontini） 南美原鼠属（Akodon） 绯鼻鼠属（Bibimys） 雷鼠属（Necromys） 尖趾鼠属（Podoxymys） 暖鼠属（Thalpomys） 色鼠属（Abrothrix） 裂爪鼠属（Chelemys） 南美长爪鼠属（Notiomys） Pearsonomys 地鸣鼠属（Geoxus） 巴西鼩鼠属（Blarinomys） 鳞尾原鼠属（Juscelinomys） 洞鼠属（Oxymycterus） 秘鲁鼠属（Lenoxus） Brucepattersonius 南美水鼠属（Scapteromys） 大长爪鼠属（Kunsia） 叶耳鼠族（Phyllotini） 暮鼠属（Calomys） 芜鼠属（Eligmodontia） 缠尾鼠属（Andalgalomys） 南美滩鼠属（Graomys） 萨林鼠属（Salinomys） 叶耳鼠属（Phyllotis） Loxodontomys 庭鼠属（Auliscomys） 寂鼠属（Galenomys） 灰鼠属（Chinchillula） 秘鲁高原鼠属（Punomys） 安第斯鼠属（Andinomys） 智利鼠属（Irenomys） 巴塔戈尼亚灰鼠属（Euneomys） 颖鼠属（Neotomys） 沟齿沙鼠属（Reithrodon） 棉鼠族（Sigmodontini） 棉鼠属（Sigmodon） 渔鼠族（Ichthyomyini） 食鱼鼠属（Neusticomys） 涧鼠属（Rheomys） 白耳渔鼠属（Anotomys） 奇布查水鼠属（Chibchanomys） 渔鼠属（Ichthyomys）