操纵基因是操纵子中的控制基因，在操纵子上一般与启动子相邻，通常处于开放状态，使RNA 聚合酶通过并作用于启动子启动转录。但当它与调节基因所编码阻遏蛋白结合时，就从开放状态逐渐转变为关闭状态，使转录过程不能发生。
多种短序列并非基因亦会影响基因表现，包括lac启动子（lac p）及lac操纵基因（lac o）。虽然这并非一般的用法，突变体的lac o因历史关系会称为lac oc。
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R P O S DNA CRP-cAMP CRP+cAMP 复合物 cAMP-CAP复合物的作用示意图 操纵基因（Operater gene）: 位于启动基因和结构基因之间的一段碱基顺序，能特异 性地与调节基因产生的变构蛋白结合，操纵酶合成的时机 与速度。
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该系统顺式元件的核心是一个融合了三个同向Tet操纵基因(TetO)的CaMV35S的启动子,其中第一个操纵基因位于TATA—box上游1bp处;第二个位于TATA—box下游1bp处,第三个位于下游23bP处。
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