底层酵母 bottom yeast 是上层酵母的对应词。它是指在糖液中进行酒精发酵时几乎完全沉降的状态，或是指初期的旺盛发酵完毕后立即在底部形成沉渣的酵母。底层酵母细胞少有呈连环状的，孢子形成非常少。在生理学方面，其特征是可以分解蜜二糖，糖原含量少，发酵比较缓慢。细胞所含的酿酶系并不太弱，但呼吸很弱。此外，细胞色素系不是典型的好氧型，它是类似大肠杆菌的那种兼性厌氧细菌。它和上层酵母发酵形式的主要不同点在于细胞表面的物质结构。底层酵母具有粘质性的细胞壁，很难均匀地悬浮，同时，吸附二氧化碳气泡的能力较弱。此外，据认为底层酵母可以变型为上层酵母，而上层酵母却罕有变型为底层酵母的。