学院前身是成立于2001年的南京大学管理科学与工程研究院，2003年撤研究院成立工程管理学院。 学院拥有管理科学与工程一级学科博士学位授予点和博士后流动站，管理科学与工程也是江苏省重点学科，其中《计算管理科学与商务智能》交叉学科方向入选江苏省优势学科序列是一所以培养高层次管理人才和工程技术人才为办学目标的学院。 现有管理科学与工程博士后流动站、一级学科博士点和信息工程博士点，拥有管理科学与工程、控制理论与控制工程、光学工程、信息工程四个硕士点和金融工程、项目管理、物流工程和工业工程四个专业硕士学位点，有金融工程、信息工程、工业工程和自动化四个本科专业。