南京大学匡亚明学院起源于南京大学少年部。2006年4月，为纪念匡亚明老校长诞辰100周年，更名为南京大学匡亚明学院。作为南京大学、教育部教育改革和杰出人才培养的创新试点单位，匡亚明学院专注于培养具有良好科学精神、人文素养、宽厚学科基础、突出创新能力的拔尖人才。 匡亚明学院的学生，在大一学年与大二学年进行通识教育和大理科基础教育，大三再最终确定方向进行专业课的学习。这种“多次选择，逐步到位”，自主确定专业结构，实现专业人才的个性化培养的大理科培养模式，已在国内外产生重要影响，先后多次荣获国家级教学成果一等奖、江苏省教学成果特等奖等多个集体奖项以及十余项个人奖项，在国内高校起到了良好的示范作用。 学院人才培养成果丰硕。每年约50%的毕业生被免试推荐到北京大学、清华大学、中国科学院研究所和本校的相关学科攻读研究生；40%以上的毕业生被如哈佛、普林斯顿、斯坦福、麻省理工、耶鲁、康奈尔、哥伦比亚、芝加哥大学以及牛津、剑桥、巴黎高科等境外知名高校录取，出国深造。已有大量毕业生成为国内外各个领域的精英，取得了令人瞩目的成就。