南京农业大学植物保护学院是南京农业大学二级学院。 南京农业大学植物保护学院成立于2000年，肇始于1902年三江师范学堂的病理学，从金陵大学1916年设立的植病组、昆虫组以及国立东南大学1921年创立的中国第一个植物病虫害学系发展而来，是中国近代植物病理学、昆虫学及植物检疫事业的发祥地之一。 截至2017年底， 南京农业大学植物保护学院下设3个系，1个教研室，开设2个本科专业；有1个一级学科博士学位授予点，1个硕士学位授予点，1个专业学位硕士学位授予点和1个博士后流动站；有教学科研人员103人，其中教授44名，副教授32人，博士生导师37名，硕士生导师24人；年均在校学生1100人左右，其中本科生500人左右。