余孝其现为中国化学会化学生物学专业委员会委员，中国监控化学品协会技术专家库成员，绿色化学与技术教育部重点实验室副主任，四川省禁化武技术专家，成都市反恐怖工作顾问，四川大学二级教授。现任四川大学化学学院院长，是50余种国际国内重要刊物的论文评审专家，包括Angew. Chem Int. Ed.、J. Am. Chem. Soc.、J. Org. Chem.、Org. Lett.、Chem. Commun.、Tetrahedron、Tetrahedron Lett.等国际化学领域主流期刊。 开展了绿色有机合成方法学、酶的化学模拟等领域的基础性研究。