中国科学院南京地质古生物研究所（Nanjing Institute of Geology and Palaeonotology，CAS）成立于1951年5月7日，其前身为中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）；1959年4月，改名为中国科学院地质古生物研究所；1971年3月，改名为中国科学院南京地质古生物研究所。 中国科学院南京地质古生物研究所主要从事古无脊椎动物学、古植物学、地层学、沉积学、分子古生物学等基础理论研究。 据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室；共有在职职工147人，68位在读研究生和十余位博士后及外籍访问学者。