STMS(Sequence-tagged microsatellites)通常又称为SSR也可称为SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms) 基本原理和特点 引物根据与微卫星重复序列两翼的特定短序列设计用来扩增重复序列本身由于重复的长度变化极大所以这是检测多态性的一种有效方法其特点包括一般检测到的是一个单一的多等位基因位点共显性遗传故可鉴别杂合子和纯合子得到的结果重复性很高为了提高分辨力通常使用聚丙烯酰胺凝胶电泳它可检测出单拷贝差异也可以在同一个反应试管中把PCR反应与不同的STMS引物结合起来称为multiplexing这可节省时间但是这只能在不同引物的产物在大小上不重叠的情况下才能使用很显然使用STMS技术的前提是需要知道重复序列两翼的DNA序列的信息这一方面可以在其它种的DNA数据库中查询否则就必须先建立含有微卫星的基因组文库再从中筛选可用的克隆进行测序然后设计合适的引物 STMS的发展和相近的分子标记种类 1. 把与SSR互补的寡核苷酸作为多位点RFLP技术中的探针 2. 把与SSR互补的寡核苷酸作为PCR引物可单独作引物或与随机引物配合使用扩增的是基因组DNA的特定片段即MP-PCR和RAMPs 3. 用标记的SSR探针与RAPD扩增片段杂交即RAMPO或称为RAHM或RAMS 4. 用5′或3′端加锚的SSR作引物即ISSR