SCAR (sequence characterized amplified regions特定序列扩增)标记通常是由RAPD、SRAP、SSR标记转化而来。SCAR标记是将特异标记片断从凝胶上回收并进行克隆和测序，根据其碱基序列设计一对特异引物(18-24碱基)；也可对RAPD标记末端进行测序，在原RAPD所用10碱基引物的末端增加14个左右的碱基，成为与原RAPD片断末端互补的特异引物。SCAR标记一般表现为扩增片断的有无，是一种显性标记，当扩增区域内部发生少数碱基的插入、缺失、重复等变异时，表现为共显性遗传的特点。若待检DNA间的差异表现为扩增片段的有无，则可直接在PCR反应管中加入溴化乙锭，通过在紫外灯下观察有无荧光来判断有无扩增产物，检测DNA间的差异，从而省去电泳的步骤，使检测变得更方便、快捷，可用于快速检测大量个体。相对于RAPD标记，SCAR标记所用引物较长且引物序列与模板DNA完全互补，可在严谨条件下进行扩增，因此结果稳定性好、可重复性强。由于上述优点，SCAR标记成为目前分子标记在育种实践中能直接应用的首选标记，实际上，它也是标记辅助育种中可以直接应用的一类一标记。在近几年的研究中，很多RAPD标记、RFLP标记、AFLP标记以及一些工SSR标记己成功转化成了SCAR标记，并得到了较好的验证。 该方法在众多领域中得到应用。