五十构象提取MD轨迹在固定的时间间隔的叠加HH63-HEL X-射线晶体结构，根的均方的偏差（RMSDs）和Cα原子之间的位置偏差的X-射线结构和MD构象测量。示出既轻链和重链的抗体的大偏差的残基位置是相同的，在所有的MD的构象。
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同源模型质量的一套供参考的同源性模型验证了比较实验结构，通过计算的均方根偏差（ RMSDs ）和比较interresidue联系地区。
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