鼢鼠是由发现在中国北部中新世的更新仓鼠（Plesiodipus）、更新跳鼠（Plesiodipus）、二狼蓬原鼢鼠（Prosiphneus lupinas）直接进化而来。中国新生代后期的鼢鼠化石发现极多。
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先前的研究认为Gobicricetodon与近古仓鼠(Plesiodipus)同属于戈壁古仓鼠亚科，然而，它们与欧亚大陆一些置于古仓鼠亚科(Cricetodontinae)内的属在牙齿形态上的高度相似性表明其亲缘关系...
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