一旦产生一个DSB，靶向整合可以通过多种策略来实现，包括同源重组（HR）、微同源臂介导的末端接合（MMEJ）或者非同源末端接合（NHEJ）。 常用的同源重组（HR）策略介导的基因靶向整合在动物胚胎和组织中效率低下。
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同时，也存在着一条不依赖Ku蛋白的非同源末端连接通路，称为微同源介导的末端连接（MMEJ）或选择性末端连接，这一通路通常会导致序列的缺失。尽管NHEJ和MMEJ时是针对不同的错误进行修复。
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