MMPs的一级布局中均含有二个高度保守的地区范围：N-端前肽区(PRCGPDP)及催化的功效区，是锌原子的结合位点(LELGH)。除了溶基质蛋白(stromelysins)外，各MMPsC端含有与玻璃体粘连蛋白的相关地区范围，该地区范围与MMPs底物特别优异性涉及。
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