苗期至成株期均可发病，以距地面5-30厘米发病最多，瓜被害脐部形成水浸状病斑，软腐，表面长满棉絮状菌丝体。茎部被害，开始产生退色水浸状病斑，逐渐扩大呈淡褐色，病茎软腐；长出白色棉絮状菌丝体，茎表皮和髓腔内形成坚硬菌核，植株枯萎。幼苗发病时在近地面幼茎基部出现水浸状病斑，很快病斑绕茎一周，幼苗猝倒。一定湿度和温度下，病部先生成白色菌核，老熟后为黑色鼠粪状颗粒。 病原菌 Sclerotinia sclerotiorum称核盘菌，属子囊菌亚门真菌。菌核由菌丝体扭集在一起形成，初白色，后表面变黑色鼠粪状，大小不等，长度3~7mm，宽度1~4mm或更大，有时单个散生，有时多个聚生在一起。子囊盘暗红色或淡红褐色；子囊无色，棍棒状，内生8个无色的子囊孢子。子囊孢子圆形，单胞。